Opis
DFTB+ je alat za brze kvantno-mehaničke simulacije. Koristi se za modeliranje svojstava materijala i molekula; elektronskih, magnetskih i vibracijskih svojstava, te za simulacije molekularne dinamike.
DFTB+ je aplikacija otvorenog koda, a podržava MPI ili OpenMP paralelizaciju.
Verzije
| Verzija | Modul | Supek | Padobran | Prevodioc | Linearna algebra | Paralelizacija |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 24.1 |
|  | GCC | Intel oneMKL | MPI (MPICH) |
Službena dokumentacija
Primjeri
Napomene
Podrazumijevano PBS ponašanje je „slobodno" razmještanje chunkova po slobodnim čvorovima.
Zbog aktualnog cray-pals buga, trenutačno je ograničen broj poslova koji se mogu širiti van čvora kad koriste Cray-ev mpiexec. Ako Vaš posao prijeđe taj limit te proširi svoje MPI procese na druge čvorove, prekinut će se.
Kako bi sigurno izbjegli bug, potrebno je sve MPI procese smjestiti na isti čvor. Najjednostavniji način je korištenjem opcije #PBS -l place=pack.
MPI pokretač za MPICH verzije:
mpiexec dftb+
MPI
U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 4 MPI procesa, svaki s 1 GiB RAM.
#PBS -q cpu
#PBS -l select=4:mem=1gb
#PBS -l place=pack
#PBS -j oe
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load "scientific/dftbplus"
mpiexec dftb+