bedtools

Opis

Zajedno, pomoćni programi bedtools su švicarski vojni nož alata za širok raspon zadataka genomske analize. Najrašireniji alati omogućuju aritmetiku genoma: to jest, teoriju skupova na genomu. Na primjer, bedtools omogućuje presijecanje, spajanje, brojanje, nadopunjavanje i miješanje genomskih intervala iz više datoteka u široko korištenim formatima genomskih datoteka kao što su BAM, BED, GFF/GTF, VCF. Dok je svaki pojedinačni alat dizajniran za obavljanje relativno jednostavnog zadatka (npr. križanje dviju intervalnih datoteka), prilično sofisticirane analize mogu se provesti kombiniranjem više operacija bedtools na UNIX naredbenom retku.

Verzije

Verzija	Modul	Supek	Padobran
2.5.1	scientific/bedtools/2.31.1

Službena dokumentacija

• https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/

Primjer

• Primjer je preuzet sa bedtools git: https://github.com/arq5x/bedtools2/
• Aplikacije je serijska stoga ne može koristiti više od jedne jezgre

#!/bin/bash

#PBS -N bedtools-test
#PBS -q cpu_180

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/bedtools/2.31.1

bedtools coverage -a x.bed -b y.bed -hist > obs