Dostupne verzije:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 3.697 | phylip/3.697 |
Phylip-ovi alati koriste ineraktivne opcije, tako da se prije svakog podnošenja posla mora definirati koje opcije će se primijeniti. Svaki od alata ima posebno definirane opcije, najčešće korištene opcije su izlistane na stranicama aplikacije, dok je za pojedini program potrebno pogledati odgovarajuću stranicu potprograma.
Potpuna dokumentacija dostupna je na mrežnim stranicama aplikacije
Primjer je izvršen s consense alatom i s testdata podacima iz preuzetim s http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.698.zip
Priprema podataka
cd testdata/consense sed -i '1i O\nR\nY' consenseintree.txt #proslijeđujemo parametre koje želimo izmjeniti u datoteku, Y je obavezno na kraju sed -i '1i consenseintree.txt' consenseintree.txt #proslijeđujemo ime datoteke u datoteku koje želimo da se odvrti
Primjer korištenja: phylip-teran.sge
#!/bin/sh #$ -N phylip-consense-teran #$ -cwd # load program environment module load phylip/3.697 # run the program consense < consenseintree.txt
| Napomena: ako koristite istu naredbu u istom direktoriju, obrišite ili premjestite out* datoteke u drugi direktorij. |
|---|
Instalacija je izvršena s prevoditeljem intel/2020.
wget http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz module load intel/2020 cd phylip-3.697 mv Makefile.unx Makefile make install CC=icc EXEDIR=/home/mhrzenja/apps/phylip/3.697