Dostupne verzije

Primjeri korištenja

Verzija 7.0

#$ -N cp2k_test
#$ -cwd
#$ -pe p28-mpi 2
module load  cp2k/7.0-openmpi-x86_64
mpirun -n $NSLOTS  cp2k.popt -i Si_bulk8.inp -o Si_bulk8.out 

Pri čemu su Si_bulk8.inp ulazni podaci, dok je Si_bulk8.out izlazna datoteka u koju se upisuje izlaz. Važno je znati da prilikom ponovnog pokretanja s istom navedenom izlaznom datotekom, novi izlaz se dopisuje u postojeću datoteku. Varijabla $NSLOTS odnosi se na broj jezgri koje program koristi, a njena vrijednost je jednaka trazenom broju jezgara.

Detaljnije upute o korištenju programa cp2k nalaze se na njihovim mrežnim stranicama.

Verzija 8.2.0 & 9.1.0

Ispod je opisan primjer podnošenja posla za jedan od službenih cp2k predložaka (H20-64)

Opisana skripta će:

• Podnijeti posao pod imenom H20-64-benchmark i izvršiti ga u istom direktoriju
• Izabrati paralelnu okolinu a16-mpi s 4 jezgre
• Za svaki proces (4) zatražiti maksimalno 3 GB memorije (sveukupno 12 GB)
• Postaviti varijable okoline:
  • OMP_NUM_THREADS = 1 (jednodretveno izvršavanje po jezgri)
  • OMPI_MCA_btl_openib_allow_ib = 1 (Infiniband)
  • OMPI_MCA_orte_base_help_aggregate=0 (onemogućavanje združivanja poruka o pogreškama)
• Potjerati izvršnu datoteku cp2k.psmp:
  • koristeći zatraženi broj jezgara pomoću $NSLOTS
  • koristeći ulaznu datoteku H20-64.inp
  • koristeći H2O-64.out datoteku za izlaz

#$ -N H20-64-benchmark
#$ -cwd
#$ -pe a16-mpi 4
#$ -l memory=3

# set environment
module load cp2k/8.2.0
export OMP_NUM_THREADS=1
export OMPI_MCA_btl_openib_allow_ib=1
export OMPI_MCA_orte_base_help_aggregate=0

# run H2O-64 benchmark
mpirun -np $NSLOTS cp2k.psmp -i H2O-64.inp -o H2O-64.out

Performanse

Za testiranje brzine izvođenja programa, koriste se predlošci sa cp2k stranice:

• H20-64
• Fayalite-FIST
• LiH-HFX
• H2O-DFT-LS
• H2O-64-RI-MP2

Testiranje se radilo ovisno o:

1. broju zatraženih jezgri
2. ograničavanju količine memorije koju cp2k koristi

U slučaju promjene broja jezgara, testiranje se odvijalo u konfiguracijama:

• predložak: svi
• verzija: 8.2.0
• redovi: a16, p28
• paralelne okoline: *mpi, *mpisingle
• broj jezgara: 1 - 256

U slučaju ograničavanja količine memorije, testiranje se odvijalo u konfiguracijama:

• predložak: LiH-HFX
• verzija: 8.2.0
• redovi: p28-mpi
• broj jezgara: 64
• MAX_MEMORY (ulazni podatak): 1000 - 8000 MiB (detaljnije upute na službenoj stranici)

Ovisnost o broju jezgri

Ovisnost o količini dostupne memorije