https://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/data-software/
Dostupne verzije:
Verzija | Modul |
---|---|
2.9.0 | bioinfo/NCBI-BLAST++/2.9.0 |
2.10.0 | bioinfo/NCBI-BLAST++/2.10.0 |
Dostupne verzije BLAST DB:
Verzija | Modul |
---|---|
v4 | bioinfo/BLASTDB/v4 |
v5 | bioinfo/BLASTDB/v5 |
nt | bioinfo/BLASTDB/nt |
Primjer korištenja
program.sge
module load bioinfo/NCBI-BLAST++/2.10.0 blastp -help
Prilikom učitavanja modula aplikacije, BLAST DB v5 putanja se pridružuje varijabli okruženja BLASTDB
pomoću koje se onda može referencirati na istu. Ukoliko se želi koristiti BLAST DB v4, učitava se posebno module BLASTDBv4
.
Preporuka
U ovisnosti o složenosti problema i načinu pokretanja, aplikacija može koristi značajne količine radne memorije te se preporučuje korištenje parametra "#$ -l exclusive=1"
.
Testni primjer aplikacije.
blast.sge
#!/bin/bash #$ -N blast #$ -cwd #$ -pe *mpisingle 8 #$ -l exclusive=1 module load bioinfo/NCBI-BLAST++/2.10.0 blastp -db $BLASTDB/nr -query seq.fasta -num_threads $NSLOTS -out seq.out
qsub blast.sge
Instalacija
Prevođenje - verzija 2.10.0:
module load intel/2019 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.0+-src.tar.gz tar -xvf ncbi-blast-2.10.0+-src.tar.gz cd ~/ncbi-blast-2.10.0+-src/c++/compilers/unix ./ICC.sh cd ../../ReleaseMT/build make all_r -j 4 ./install.sh ncbi-blast-bin --srcdir=. # preuzimanje baze blastdp cd /apps/bioinfo/NCBI-BLAST++/BlastDB update_blastdb.pl --blastdb_version 4 nr --decompress cd /apps/bioinfo/NCBI-BLAST++/BlastDB/v5 update_blastdb.pl --blastdb_version 5 nr --decompress