http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/

Korištenje

Dostupne verzije su:

VerzijaModul
2.41

stacks/2.41

2.62

stacks/2.62

Primjer korištenja skripte za opis poslova:

denovo_map.pl
#!/bin/bash
#$ -N denovo-test
#$ -cwd
#$ -pe *mpisingle 4

module load stacks/2.62

denovo_map.pl -T $NSLOTS --samples clean --popmap clean/popmap_mackerel.txt -o clean/denovo_M4 --min-populations 2 --min-samples-per-pop 0.75 -X "populations: --structure --plink" -X "ustacks: -M 4 -N 0 --disable-gapped"

Instalacija:

  • compile je izveden sa intel/2020
  • preduvjet je učitan htslib i gcc
  • source je skinut sa službene stranice


Instalacija STACKS-a
tar -xvf stacks-2.62.tar.gz
cd stacks-2.62/
module load intel/2020
module load htslib/1.15.1
module load gcc/9
./configure --prefix=/home/mhrzenja/STACKS CC=icc CXX=icpc #prefix ostaje u denovo_map.pl i ref_map.pl, treba izmijenit putanju poslije
make
make install
  • No labels