Opis

Pozivanje varijante i detekcija somatske mutacije/CNV za NGS podatke.

Dostupne verzije

VerzijaModulSupekPadobran
2.4.6scientific/varscan/2.4.6(error)
 		(tick)
 

Službena dokumentacija

Primjer korištenja

varscan
#PBS -N mpileup
#PBS -q cpu

module load scientific/varscan/2.4.6

varscan.sh mpileup2snp sorted.bam --min-coverage 10 --min-reads2 2 --p-value 0.05 --output-vcf 1 > variants.vcf


  • No labels