Dostupne verzije i moduli
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 1.1.2 | bioinfo/TOGA/1.1.2 |
Korištenje
TOGA je program koji ovisno o opsegu posla i veličini gena, može biti dosta zahtjevan.
Primjer je napravljen po uzoru na : https://github.com/hillerlab/TOGA
Podaci skinuti za ovaj primjer: - Human 2bit: https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg38/bigZips/hg38.2bit
- Mouse 2bit: https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/mm10/bigZips/mm10.2bit
Detaljnije objašnjenje same komande i drugih argumenata : https://github.com/hillerlab/TOGA
#!/bin/sh #$ -N toga_example #$ -pe p28-mpisingle 28 #$ -R y #$ -cwd module load bioinfo/TOGA/1.1.2 toga.py test_input/hg38.mm10.chr11.chain test_input/hg38.genCode27.chr11.bed hg38.2bit mm10.2bit --pn test -i supply/hg38.wgEncodeGencodeCompV34.isoforms.txt --chn 100 --cjn 10 --u12 supply/hg38.U12sites.tsv --ms --nc nextflow_config
Objasnjenje primjera
Preporučljivo je izvoditi TOGA na cijelom čvoru. Ovisno o broju poslova koje se da sa flagovima --chn i --cjn. U primjeru je sa --chn ili --chain_jobs_num dato 100 poslova, koji se relativno brzo izvode. Ovisno o tome koliko smo resursa dali u datoteci extract_chain_features_config.nf u direktoriju nextflow_config on će toliko koristiti. Isto se tako odnosi na --cjn ili --cesar_jobs_num koji koriste veliku količinu RAM memorije, ovisno o veličini genoma, tako da se treba paziti koliko se daje RAM-a po poslu kako ne bi prešlo dostupnu količinu memorije(inače poslovi se zruše i dobivaju se JAVA greške). Niže su objašnjeni detalji nextflow konfiguracije koju TOGA koristi kako bi se izvršavali poslovi.
[mhrzenja@teran nextflow_config]$ ls -l total 2 -rw-r--r-- 1 mhrzenja grid 366 Svi 3 16:09 call_cesar_config_template.nf -rw-r--r-- 1 mhrzenja grid 198 Svi 3 16:10 cesar_bigmem_config.nf -rw-r--r-- 1 mhrzenja grid 71 Svi 3 16:09 extract_chain_features_config.nf
process.executor = "local" process.penv = "p28" process.time = "24h" procesor.cpus = 2 process.memory = "4GB"
process.executor = "local" process.penv = "p28" process.cpus = 2 #dajemo 2 dretve po poslu, brzo se izvode stoga je u redu dati po 2 threada na 100 poslova
#Dajemo 2 dretve po poslu i 4GB memorije process.executor = "local" process.penv = "p28" process.memory = "4GB" executor.cpus = 2
Vrijeme trajanja ovog primjera posla:
start_time Wed May 3 16:10:31 2023 end_time Wed May 3 18:48:48 2023
Primjer posla bez --nc(bez nextflowa):
Ovaj primjer se odnosi bez konfiguracijskih datoteka, tj bez korištenja nextflow flag-a u komandi. Bez korištenja parametara posao se svojevoljno širi po čvoru i zauzima koliko može resursa, stoga kada dođu na red veliki memorijski procesi oko 20-30% poslova faila jer ostanu bez dostupne memorije. Stoga je potrebno ograničiti broj poslova --chn i --cjn.
Pošto u primjeru zahtjevamo manje resursa tj. ne cijeli čvor brže se dođe na red za izvođenje. Treba pripaziti sa ovom opcijom da ne zadamo previše poslova jer će program ometati druge korisnike. U ovom primjeru 2 big mem posla su zauzela po 8-10 GB radne memorije stoga dajemo 2x15=30GB da se zauzme.
#!/bin/sh #$ -N tg #$ -pe p28-mpisingle 2 #$ -cwd #$ -R y #$ -l memory=15 module load bioinfo/TOGA/1.1.2 toga.py test_input/hg38.mm10.chr11.chain test_input/hg38.genCode27.chr11.bed hg38.2bit mm10.2bit --pn test -i supply/hg38.wgEncodeGencodeCompV34.isoforms.txt --chn $NSLOTS --cjn $NSLOTS --u12 supply/hg38.U12sites.tsv --ms
Vrijeme trajanja ovog primjera posla:
start_time Thu May 4 09:08:06 2023 end_time Thu May 4 20:10:18 2023
Instalacija:
#Stvaranje conda env za TOGA deps conda create -p /apps/virtenv/TOGA/cenv conda activate /apps/virtenv/TOGA/cenv conda install -c bioconda nextflow #Instaliravanje TOGA programa git clone https://github.com/hillerlab/TOGA.git mv TOGA/ 1.1.2/ cd 1.1.2 pip install -r requirements.txt module load gcc/9 ./configure.sh