Dostupne verzije i pripadajući moduli
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 5.1 | bioinfo/muscle/5.1 |
Verzija 5.1. instalirana je conda odnosno mamba package managerom.
Aplikacija se ne može širiti van jednog čvora pa je obavezno korištenje mpisingle paralelne okoline.
Primjer korištenja:
muscle.sge
#!/bin/bash #$ -N muscle_test #$ -cwd #$ -pe *mpisingle 6 module load bioinfo/muscle/5.1 muscle -threads $NSLOTS -align sequences.fasta -output alignment.fasta
Instalacija:
Mamba/Conda instalacija
source /apps/mambaforge/mamba/bin/activate mamba create -p /apps/virtenv/muscle/muscle5.1 python=3.8 muscle=5.1 -c bioconda