Općenito

Trinity je bioinfo alat koji koristi OpenMP metodu paralelizacije (dijeljena memorija - jedan čvor) te je nužno koristiti paralelne okoline poput *mpisingle. Za rad zahtjeva dodatne alate:

  • bowtie2
  • jellyfish
  • salmon
  • samtools

Ako koristite Trinity verziju 2.15.0, gore spomenuti alati automatski se učitavaju s Trinity-jem.

Moduli

Moduli koji dopremaju Trinity u Vašu okolinu definirani su u tablici niže:

VerzijaModul

2.8.3

bioinfo/Trinity-RNASeq/2.8.3

2.8.5

bioinfo/Trinity-RNASeq/2.8.5

2.8.6

bioinfo/Trinity-RNASeq/2.8.6

2.15.0

bioinfo/Trinity-RNASeq/2.15.0

Primjer korištenja (v2.15.0)

Arhivu s ulaznim podacima i skriptom za podnošenje poslova možete preuzeti ovdje.

#!/bin/bash

#$ -N trinity
#$ -pe *mpisingle 4
#$ -l memory=2
#$ -cwd

module load "bioinfo/Trinity-RNASeq/2.15.0"

Trinity --seqType fq --max_memory 8G --left reads.left.fq.gz --right reads.right.fq.gz --SS_lib_type RF --CPU ${NSLOTS} --no_cleanup

Napomena

SGE sustav koristi -l memory koji definira vrijednost radne memorije (u GB) po jednoj zatraženoj jezgri (primjer: 2)

Tu vrijednost je potrebno umnožiti za broj traženih jezgri (primjer: 4) i definirati maksimalnu radnu memoriju --max_memory koju će koristiti Trinity (primjer: 8 G).

  • No labels