MultiQC

Općenito

MultiQC je alat koji pretražuje zadani direktorij i traži izvješća analiza drugih bioinformatičkih alata (npr. FastQC) na temelju čega kompajlira svoje izvješće u obliku HTML datoteke, multiqc_report.html.

Koristi OpenMP metodu paralelizacije (dijeljena memorija - jedan čvor), a broj korištenih jezgri može se kontrolirati varijablom okoline OMP_NUM_THREADS.

Moduli

Moduli koji dopremaju MultiQC u Vašu okolinu definirani su u tablici niže:

multiqc/1.13

Primjer korištenja

#!/bin/bash

#$ -N mmpbsa
#$ -cwd
#$ -pe *mpisingle 4

module load multiqc/1.13

export OMP_NUM_THREADS=${NSLOTS}

multiqc .