VerzijaModul
2.1

bioinfo/SortMeRna/2.1

4.3.6

bioinfo/SortMeRna/4.3.6

Korištenje

Baze podataka koje su pod $RNA varijablom:

  • smr_v4.3_default_db.fasta
  • smr_v4.3_fast_db.fasta
  • smr_v4.3_sensitive_db.fasta
  • smr_v4.3_sensitive_db_rfam_seeds.fasta

Nasprem starijih verzija sve potrebne baze za indeksiranje su u smr_v4.3_default_db.fasta.

Potrebno je odrediti --workdir za željeni radni direktorij u suprotnom program kreira svoj workdir u $HOME/sortmerna/run


Alingment
$!/bin/bash
#$ -N SMR-test
#$ -cwd
#$ -pe *mpisingle 12

module load bioinfo/SortMeRna/4.3.6

sortmerna -ref $RNADB/smr_v4.3_default_db.fasta -reads set5_simulated_amplicon_silva_bac_16s.fasta -sam -fastx -blast 1 -num_alignments 1 -v --workdir . --threads $NUMSLOTS


Instalacija

  • Prevodioc gcc/9 je korišten
  • napravljen je cmake sym link na cmake3
Instalacija
source /apps/miniforge3/bin/activate
conda create --prefix /home/mhrzenja/SMRNA python=3.8
conda activate /home/mhrzenja/SMRNA
module load gcc/9
mkdir ~/SMRNA2
cd SMRNA2
git clone https://github.com/biocore/sortmerna.git
export SMR_HOME=/home/mhrzenja/SMRNA2/sortmerna
python $SMR_HOME/scripts/build.py --name all [--env $SMR_HOME/script/my_env.yaml]
  • No labels