Dostupne verzije i pripadajući moduli
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 6.0.0 | bioinfo/RGI/6.0.0 |
Primjer korištenja:
Primjer je napravljen prema uputama sa: https://github.com/arpcard/rgi/
#Preuzmite CARD podatke
wget https://card.mcmaster.ca/latest/data
tar -xvf data ./card.json
RGI_main.sge
#$ -N RGI_main #$ -pe *mpisingle 8 #$ -cwd module load bioinfo/RGI/6.0.0 #Učitavanje CARD podataka u lokalni DB rgi load --card_json /putanja/do/card.json --local rgi main --input_sequence protein.fasta --output_file output_file --local --clean -t protein -n $NSLOTS
Instalacija :
RGI conda instalacija
source /apps/miniforge3/bin/activate conda create -p /apps/virtenv/RGI/6.0.0 --channel conda-forge --channel bioconda --channel defaults rgi=6.0.0 python=3.8 conda activate /storage/apps/virtenv/RGI/6.0.0