Korištenje

Dostupne verzije i pripadajući moduli:

VerzijaModul
1.15.1bioinfo/bcftools

Primjer skripte za opis poslova:

bcftools.sge
#!/bin/bash
#$	-N bcftools
#$ 	-cwd
#$	-q a16.q

module load bioinfo/bcftools/1.15.1   

bcftools roh -G30 --AF-dflt 0.4 file.vcf

Ako se upotrebljuje opcija  --threads ili -t, umjesto -q a16.q staviti -pe *mpisingle 2

Podnošenje posla
qsub bcftools.sge

Instalacija

Preduvjeti za instalaciju: htslib

Instalacija:

  • Compile je izveden sa intel/2020


1.Instalacija htslib
module load intel/2020
wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.15.1/htslib-1.15.1.tar.bz2
bzip2 -d htslib-1.15.1.tar.bz2
tar -xvf htslib-1.15.1.tar
./configure --prefix=/home/mhrzenja/ni4os/htslib/1.15.1 CC=cc with-libdeflate
make
make install
2.Instalacija bcftools
module load intel/2020
wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.15.1/bcftools-1.15.1.tar.bz2
bzip2 -d bcftools-1.15.1.tar.bz2
tar -xvf bcftools-1.15.1.tar
./configure prefix=/home/mhrzenja/ni4os/bcftools/1.15.1 CC=cc --with-htslib=/home/mhrzenja/ni4os/htslib/1.15.1
make
make install
  • No labels