Korištenje
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
Verzija | Modul |
---|---|
0.1 | bioinfo/fargene/0.1 |
Primjer skripte za opis poslova:
fargene.sge
#!/bin/sh #$ -N fargene #$ -q p28.q #$ -pe *mpisingle 4 #$ -cwd module load bioinfo/fargene/0.1 fargene -i reads_1.fastq reads_2.fastq --meta --hmm-model class_b_1_2 -o tutorial_output_1 -p $NSLOTS
Napomena
Aplikacija je instalirana i konfigurirana u Python virtualnom okruženju kojeg korisnik može proširiti sa svojim proizvoljnim Python aplikacijama. Nakon učitavanja modula, korisnik dodatne aplikacije instalira s:
conda create --prefix $LOCALPKGS python=2.7 conda install --prefix $LOCALPKGS potrebni-python-pkg ili pip install --prefix $LOCALPKGS potrebni-python-pkg
Instalacija
Aplikacija je pripremljena u Conda virtualnom okruženju s Python 2.7:
Naredbe instalacije
source /apps/miniforge3/bin/activate conda create --prefix /apps/virtenv/fargene python=2.7 conda activate /apps/virtenv/fargene conda install -c conda-forge -c bioconda fargene