Opis

PennCNV je bioinformatički alat za analizu kopijskog broja varijacija (CNV - Copy Number Variations). Razvijen je na University of Pennsylvania i koristi se u istraživanjima genetike.

Aplikacija je sa svojim ovisnostima kontejnerizirana, a izvodi se serijski.

Službena dokumentacija

Verzije

VerzijaModulPodrškaParalelizacijaSupekPadobran
1.0.5scientific/penncnv/1.0.5CPUSerijska obrada(error)check mark button

Primjer korištenja

Perl skripte uz koje alat dolazi potrebno je pozivati korištenjem penncnv wrappera, kako je prikazano na primjeru niže.
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=800mb
#PBS -j oe

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/penncnv/1.0.5

penncnv detect_cnv.pl -test -hmm example.hmm -pfb example.pfb -conf -log ex1.log -out ex1.rawcnv father.txt mother.txt offspring.txt

ZIP datoteku s primjerima možete preuzeti klikom na poveznicu.