Na Isabelli su dostupna tri poslužitelja Dell EMC PowerEdge C4140 s po:

4 grafička procesora NVIDIA Tesla V100-SXM2-16GB
2 procesora Intel Xeon Silver 4114 s ukupno 20 procesorskih jezgri
384 GB radne memorije
Lokalnog spremišta od 3.2 TB NVMe SSD diska

Instalirani su NVIDIA alati i biblioteke:

CUDA (verzije 9.0 i 10.0)
cuDNN 7.3.1
NCCL 2.3.5.

Pripremljeni su moduli za dostupne verzije CUDA Toolkita koji postavljaju sve CUDA varijable okoline:

Verzija	Modul
9.0	cuda/9-0
10.0	cuda/10-0

Pokretanje poslova

Paralelne okoline za korištenje grafičkih procesora definirane su unutar redova poslova gpu.X.q:

gpu – općeniti poslovi koji zahtijevaju grafičke procesore
gpusingle – svi grafički procesori se dodjeljuju na jednom radnom čvoru
gpufull - grafički procesori se dodijeljuju 4 po radnom čvoru (broj grafičkih procesora mora biti djelitelj od 4)

Korištenje jednog grafičkog procesora

Za pokretanje poslova koji zahtijevaju jedan grafički procesor potrebno je u opisu posla postaviti:

#$ -pe gpu 1

cuda-wrapper.sh aplikacija

Korištenje više grafičkih procesora na jednom čvoru

Za pokretanje poslova na jednom čvoru potrebno je odabrati paralelnu okolinu gpusingle te željeni broj grafičkih procesora (maksimalno 4):

#$ -pe gpusingle 4

cuda-wrapper.sh aplikacija

Korištenje više grafičkih procesora na više čvorova

Korištenje više grafičkih procesora na više čvorova moguće je pomoću knjižnica MPI moduli prevednih s podrškom za CUDA-u:

Verzija	Prevodilac	Verzija CUDA-e	Modul
MVAPICH2.2	Intel 2017	9.0	mpi/mvapich2-intel2017-cuda90-2.2-x86_64
MVAPICH2.2	Intel 2018	10.0	mpi/mvapich2-intel2018-cuda-2.2-x86_64
OpenMPI 1.10.7	Intel 2019	10.0	mpi/openmpi-intel-cuda-x86_64
OpenMPI 3.0.0	Intel 2019	10.0	mpi/openmpi3-intel-cuda-x86_64

Primjer opisa MPI posla:

#$ -cwd
#$ -pe gpu 4

module load <mpi modul>

cuda-wrapper.sh mpirun -np $NSLOTS aplikacija

Korištenje više procesorskih jezgri

Raspoređivač poslova pretpostavljeno svakom poslu na grafičkim procesorima pridjeljuje jednu CPU jezgru. Ukoliko je potrebno, moguće je tražiti veći broj jezgara:

#$ -cores <broj_jezgri>

Više informacija o pokretanju poslova možete pronaći na stranici Pokretanje i upravljanje poslovima, a o korištenju pojedinih aplikacija na Korisničke aplikacije i knjižnice.