Na Isabelli su dostupna tri poslužitelja Dell EMC PowerEdge C4140 s po:

• 4 grafička procesora NVIDIA Tesla V100-SXM2-16GB

• 2 procesora Intel Xeon Silver 4114 s ukupno 20 procesorskih jezgri

• 384 GB radne memorije

• Lokalnog spremišta od 3.2 TB NVMe SSD diska

Instalirani su NVIDIA alati i biblioteke: CUDA (verzije 9.0 i 10.0), cuDNN 7.3.1 i NCCL 2.3.5.

Pripremljeni su moduli za dostupne verzije CUDA Toolkita koji postavljaju sve CUDA varijable okoline:

Pokretanje poslova

Paralelne okoline za korištenje grafičkih procesora definirane su unutar redova poslova gpu.X.q:

• gpu – općeniti poslovi koji zahtijevaju grafičke procesore
• gpusingle – svi grafički procesori se dodjeljuju na jednom radnom čvoru
• gpufull - grafički procesori se dodijeljuju 4 po radnom čvoru (broj grafičkih procesora mora biti djelitelj od 4)

Paralelna okolina odabire se unutar opisa posla SGE parametrom:

#$ -pe <paralelna okolina>

Korištenje jednog grafičkog procesora

Za pokretanje poslova koji zahtijevaju na jednom čvoru potrebno je odabrati paralelnu okolinu gpusingle te željeni broj grafičkih procesora (maksimalno 4):

#$ -pe gpu 1

cuda-wrapper.sh aplikacija

Korištenje više grafičkih procesora na jednom čvoru

Za pokretanje poslova na jednom čvoru potrebno je odabrati paralelnu okolinu gpusingle te željeni broj grafičkih procesora (maksimalno 4):

#$ -pe gpusingle 4

cuda-wrapper.sh aplikacija

MPI poslovi

Dostupni MPI moduli prevedeni s CUDA podrškom:

Primjer opisa MPI posla:

#$ -cwd
#$ -pe gpu 4

module load <mpi modul>

cuda-wrapper.sh mpirun -np $NSLOTS aplikacija

Raspoređivač poslova pretpostavljeno svakom poslu na grafičkim procesorima pridjeljuje jednu CPU jezgru. Ukoliko je potrebno, moguće je tražiti veći broj jezgara:

#$ -nprocs <broj_jezgri>

Više informacija o pokretanju poslova možete pronaći na stranici Pokretanje i upravljanje poslovima, a o korištenju pojedinih aplikacija na Korisničke aplikacije i knjižnice.