Opis

GPAW je otvoreni Python kod teorije funkcionala gustoće (DFT) koji se temelji na metodi PAW i okruženju atomske simulacije (ASE).

Dostupne verzije

VerzijaModulSupekPadobran
24.6.0scientific/gpaw/24.6.0(tick) (error)
 

Službena dokumentacija


Korištenje aplikacije na Supeku

GPAW aplikacija na Supeku je dostavljena u obliku kontejnera i zahtijevaju korištenje wrappera gpaw.sh  kao što je prikazano ispod.

Primjer korištenja


Prije korištenja GPAW aplikacije potrebno je pripremiti dataset i postaviti putanju do dataset foldera <dir> 

gpaw.sh gpaw install-data {<dir>}


Osnovni primjer pokretanja

Primjer PBS skrite
#!/bin/bash

#PBS -l select=4:ncpus=4
#PBS -l place=pack

# environment
module load scientific/gpaw/24.6.0

cd ${PBS_O_WORKDIR:-""}

# run
mpiexec gpaw.sh gpaw python script.py

Primjer testira konvergenciju ukupne energije s obzirom na graničnu energiju na kristalnoj rešetci Si s ravnim valom.

script.py
from ase.build import bulk
from gpaw import GPAW, PW
import gpaw.mpi as mpi

rank = mpi.world.rank
print(f"my rank: {rank}")

a = 5.421
si = bulk('Si', 'fcc', a=a)
# or equivalently:
# b = a / 2
# from ase import Atoms
# si = Atoms('Si2', cell=[[0, b, b], [b, 0, b], [b, b, 0]], pbc=True,
#           scaled_positions=[[0, 0, 0], [0.25, 0.25, 0.25]])

for x in [100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800]:
    # for x in [0.24, 0.22, 0.20, 0.18, 0.16, 0.14, 0.12, 0.1]:
    calc = GPAW(mode=PW(x),
                # h=x,
                xc='PBE',
                kpts=(4, 4, 4),
                txt=f'convergence_{x}.txt')

    si.calc = calc

    print(x, si.get_potential_energy())


  • No labels