Svoje e-kolegije na sustavu za e-učenje Merlin mogu otvoriti ustanove iz sustava visokog obrazovanja i znanosti i pojedinci. Status institucijskog korisnika na sustavu Merlin omogućava ustanovama jednostavniju administraciju e-kolegija ustanove, odnosno brzo i jednostavno otvaranje e-kolegija i upis studenata te pregled otvorenih e-kolegija, kao i njihovog sadržaja.