Modulefiles
Na računalnom klasteru Isabella koristi se alat Modulefiles za podršku instalacije više različitih verzija istih programa. Za svaku verziju dostupnog programa pripremljen je modul u kojem je definirano koje varijable okoline se postavljaju prilikom aktivacije modula. Osnovna naredba za rad s Modulefiles je module. Sve izmjene nad varijablama okoline odnose se isključivo za aktivnu sesiju, odnosno za pokrenuti posao. Stoga je module potrebno aktivirati u kod svakog podnošenja posla.
Popis dostupnih modula može se dobiti naredbom:
module avail
Ili popis programa za određeni alat, npr mpi:
module avail mpi
Akiviranje modula, odnosno postavljanje potrebnih varijable okoline:
module load ime_modula
Izmjena aktivne verzije modula:
module switch ime_modula nova_verzija
konkretan primjer izmjene MPI okoline:
# module load mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64 # which mpicc /usr/lib64/mvapich2-intel-2.2/bin/mpicc # module switch mpi mpi/openmpi3-intel-x86_64 # which mpicc /usr/lib64/openmpi3-intel/bin/mpicc
Pregled svih aktivnih modula za koje je prethodno izvedena naredba load ili koji su učitani od strane drugog modula:
module list
Deaktivacija modula, odnosno uklanjanje varijabli okoline postavljenih od određenog modula:
module unload ime_modula
Deaktivacija svih modula:
module purge
Pregled akcija nad varijablama okoline koje određeni modul izvršava:
module show ime_modula
Intel
U tablici su navedene dostupne verzije Intel prevodioca i pripadni moduli. Preporuča se korištenje najnovije verzije - Intel 2019.
Verzija | Modul |
---|---|
Intel 2019 | intel/2019 |
Intel 2018 | intel/2018 |
Intel 2017 | intel/2017 |
MPI
U tablici su navedene dostupne verzije knjižnica MPI i pripadni moduli. Preporuča se korištenje verzija pripremljenih s Intel prevodiocima.
Verzija | Prevodilac | Modul |
---|---|---|
MVAPICH2 2.0 | GNU 4.8.5 | mpi/mvapich2-2.0-x86_64 mpi/mvapich2-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | GNU 4.8.5 | mpi/mvapich2-2.2-x86_64 |
MVAPICH2 2.0 | Intel 2019 | mpi/mvapich2-intel-2.0-x86_64 mpi/mvapich2-intel-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | Intel 2019 | mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64 |
OpenMPI 1.10 | GNU 4.8.5 | mpi/openmpi-x86_64 |
OpenMPI 3.0 | GNU 4.8.5 | mpi/openmpi3-x86_64 |
OpenMPI 1.10 | Intel 2019 | mpi/openmpi-intel-x86_64 |
OpenMPI 2.1 | Intel 2017 | openmpi21-intel-x86_64 |
OpenMPI 3.0 | Intel 2019 | mpi/openmpi3-intel-x86_64 |
MVAPICH2
Primjer pokretanja aplikacije prevedene s MVAPICH2 2.2:
module load mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64 mpirun_rsh -np $NSLOTS -hostfile $TMPDIR/machines applikacija
OpenMPI
Primjer pokretanja aplikacije prevedene s OpenMPI 3:
module load mpi/openmpi3-intel-x86_64 mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMPDIR/machines applikacija
Abinit
Abinit je preveden s Intel 2019 i MVAPICH2 2.2 i parametrima:
export FCFLAGS="-O2 -DLINUX -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -ffree-line-length-0" export CFLAGS="-O2 -DLINUX -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE" export CXXFLAGS=$CFLAGS export CPPFLAGS=$CFLAGS ./configure CC=mpicc CXX=mpicxx FC=mpif90 FCFLAGS="-O2" CFLAGS="-O2" CXXFLAGS="-O2" --with-fc-vendor=intel -with-fft-flavor=fftw3-mkl --with-fft-libs="-lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core" --with-linalg-flavor=mkl --enable-mpi --with-mpi-prefix=/usr/lib64/mvapich2-intel-2.2 --enable-64bit-flags --disable-debug --with-dft-flavor="none" --with-trio-flavor="none" --enable-mpi-inplace --enable-mpi-ioDostupne verzije su:
Verzija | Modul |
---|---|
8.8.4 | abinit/8.8.4 |
Primjer korištenja:
module load abinit/8.8.4 mpirun_rsh -np $NSLOTS -hostfile $TMPDIR/machines abinit -i input_files
Gaussian
Svim zaposlenicima i suradnicima Sveučilišta u Zagrebu dostupan je Gaussian. Na Isabelli su instalirane tri verzije:
- Gaussian 3
- Gaussian 9 verzija D01
- Gaussian 16 verzija A03
Za Gaussian nisu pripremljeni moduli nego se pokreće pomoću pripremljenih skripti:
- /usr/local/bin/dog03-64
- /usr/local/bin/dog09
- /usr/local/bin/dog16
Bitno: nužno je koristiti paralelne okoline *mpisingle.
Gromacs
Quantum Espresso
Quantum Espresso je preveden s Intel 2019 i MVAPICH2 2.2 i parametrima:
export LIBMPI=-lmpich export CC=icc export CXX=icc export FC=ifort export MPIF90=mpif90 export FCFLAGS='-I/opt/intel/mkl/include/intel64/ilp64 -I/opt/intel/mkl/include -I/opt/intel/mkl/include/fftw' export CFLAGS='-I/opt/intel/mkl/include/intel64/ilp64 -I/opt/intel/mkl/include -I/opt/intel/mkl/include/fftw' export FFLAGS='-I/opt/intel/mkl/include/intel64/ilp64 -I/opt/intel/mkl/include -I/opt/intel/mkl/include/fftw' export MPI_LIBS='-L/usr/lib64/mvapich2-intel-2.2/lib -lmpich' export BLAS_LIBS='-L/opt/intel/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_ilp64 -lpthread -lm -ldl' export LAPACK_LIBS='/opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_blas95_ilp64.a /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_lapack95_ilp64.a -L/opt/intel/mkl/lib/intel64 -lmkl_scalapack_ilp64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_ilp64 -lpthread -lm -ldl' export FFT_LIBS='/opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_blas95_ilp64.a /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_lapack95_ilp64.a -L/opt/intel/mkl/lib/intel64 -lmkl_scalapack_ilp64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_ilp64 -lpthread -lm -ldl' export SCALAPACK_LIBS='/opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_blas95_ilp64.a /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_lapack95_ilp64.a -L/opt/intel/mkl/lib/intel64 -lmkl_scalapack_ilp64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_ilp64 -lpthread -lm -ldl' ./configure --enable-parallel --with-scalapack=intel
Dostupne verzije su:
Verzija | Modul |
---|---|
5.4.0 | quantum-espresso/5.4.0 |
6.3 | quantum-espresso/6.3 |
Primjer korištenja:
module load quantum-espresso/6.3 mpirun_rsh -np $NSLOTS -hostfile $TMPDIR/machines pw.x ...