Opis
Ovaj softverski paket je open-source Julia implementacija HaploADMIXTURE, zaključivanje o podrijetlu modeliranjem haplotipova. Modeliranjem haplotipova koristimo informacije između obližnjih SNP-ova, dobivajući točnije procjene porijekla.
Procjenjuje podrijetlo metodom maksimalne vjerojatnosti za velike skupove podataka genotipa SNP, gdje se pretpostavlja da pojedinci nisu u srodstvu.
Dostupne verzije
| Verzija | Modul | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|
| 0.1.0 | scientific/BA3/0.1.0 |  |  |
Službena dokumentacija
Primjer korištenja
- Primjer je napravljen prema: https://github.com/OpenMendel/HaploADMIXTURE.jl/blob/main/docs/HaploADMIXTURE.ipynb
hA-test
#PBS -N hap_admix_test
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ngpus=8:mem=10gb
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/haploADMIXTURE/0.1.0
hA.sh julia -t $NCPUS input.jl
input.jl
using LinearAlgebra, Random, SnpArrays, StableRNGs
using HaploADMIXTURE
using DelimitedFiles
filename = SnpArrays.datadir("EUR_subset.bed");
d, clusters, aims = HaploADMIXTURE.run_admixture(filename, 379, 27025, 4; T=Float64, rng=StableRNG(7856), admix_rtol=1e-5)