Opis
Corset je softverski program naredbenog retka za prelazak s de novo sklapanja transkriptoma na brojanje na razini gena. Naš softver uzima skup čitanja koja su višestruko mapirana na transkriptom (gdje je prijavljeno više poravnanja po čitanju) i hijerarhijski grupira transkripte na temelju udjela zajedničkih čitanja i obrazaca izražavanja. Izvijestit će o klasterima i brojevima na razini gena za svaki uzorak, koji se lako testiraju na diferencijalnu ekspresiju pomoću alata koji se temelje na brojanju kao što su edgeR i DESeq.
Dostupne verzije
| Verzija | Modul | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|
| 1.18 | scientific/bcftools/1.18 |  |  |
Službena dokumentacija
Primjer
#!/bin/bash #PBS -N corset-test #PBS -l select=1:ncpus=1:mem=10GB #PBS -q cpu_180 cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/Corset/1.07 corset.sh corset test.bam