Opis
BAGEL (engl. Brilliantly Advanced General Electronic-structure Library) je računalno-kemijska aplikacija za izračune elektronskih struktura.
Aplikacija je otvorenog koda, a podržava MPI paralelizaciju što znači da radi s raspodijeljenom memorijom te se može širiti van jednog računalnog čvora.
Ne podržava Crayevu MPICH implementaciju već koristi Open MPI.
Verzije
| verzija | modul | podrška | prevodioc | paralelizacija |
|---|---|---|---|---|
| 2022.06.03 * | scientific/bagel/2022.06.03-intel | CPU | Intel (+ MKL) | MPI (Open MPI) |
* https://github.com/qsimulate-open/bagel, master branch, commit 2955e4d (Jun 3, 2022)
Službena dokumentacija
Primjeri
U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 32 MPI procesa.
Zbog nemogućnosti Open MPI-ja da iskoristi puni potencijal Slingshot mreže, preporučljivo je aplikaciju zadržati unutar granica jednog čvora, koristeći:
#PBS -l place=pack
Bash skripta
#PBS -q cpu
#PBS -l select=32
#PBS -l place=pack
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/bagel/2022.06.03-intel
mpirun -np $(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) BAGEL input.json