Opis
Dostupne verzije i moduli
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 1.1.2 | bioinfo/TOGA/1.1.2 |
Korištenje
TOGA je program koji ovisno o opsegu posla i veličini gena, može biti dosta zahtjevan.
Primjer je napravljen po uzoru na : https://github.com/hillerlab/TOGA
Podaci skinuti za ovaj primjer: - Human 2bit: https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg38/bigZips/hg38.2bit
- Mouse 2bit: https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/mm10/bigZips/mm10.2bit
Detaljnije objašnjenje same komande i drugih argumenata : https://github.com/hillerlab/TOGA
#!/bin/sh #$ -N toga_example #$ -pe p28-mpisingle 28 #$ -R y #$ -cwd module load bioinfo/TOGA/1.1.2 toga.py test_input/hg38.mm10.chr11.chain test_input/hg38.genCode27.chr11.bed hg38.2bit mm10.2bit --pn test -i supply/hg38.wgEncodeGencodeCompV34.isoforms.txt --chn 100 --cjn 10 --u12 supply/hg38.U12sites.tsv --ms --nc nextflow_config
Objasnjenje primjera
Preporučljivo je izvoditi TOGA na cijelom čvoru. Ovisno o broju poslova koje se da sa flagovima --chn i --cjn. U primjeru je sa --chn ili --chain_jobs_num dato 100 poslova, koji se relativno brzo izvode. Ovisno o tome koliko smo resursa dali u datoteci extract_chain_features_config.nf u direktoriju nextflow_config on će toliko koristiti. Isto se tako odnosi na --cjn ili --cesar_jobs_num koji koriste veliku količinu RAM memorije, ovisno o veličini genoma, tako da se treba paziti koliko se daje RAM-a po poslu kako ne bi prešlo dostupnu količinu memorije(inače poslovi se zruše i dobivaju se JAVA greške). Niže su objašnjeni detalji nextflow konfiguracije koju TOGA koristi kako bi se izvršavali poslovi.
[mhrzenja@teran nextflow_config]$ ls -l total 2 -rw-r--r-- 1 mhrzenja grid 366 Svi 3 16:09 call_cesar_config_template.nf -rw-r--r-- 1 mhrzenja grid 198 Svi 3 16:10 cesar_bigmem_config.nf -rw-r--r-- 1 mhrzenja grid 71 Svi 3 16:09 extract_chain_features_config.nf
process.executor = "local" process.penv = "p28" process.time = "24h" procesor.cpus = 2 process.memory = "4GB"
process.executor = "local" process.penv = "p28" process.cpus = 2 #dajemo 2 dretve po poslu, brzo se izvode stoga je u redu dati po 2 threada na 100 poslova
#Dajemo 2 dretve po poslu i 4GB memorije process.executor = "local" process.penv = "p28" process.memory = "4GB" executor.cpus = 2
Vrijeme trajanja ovog primjera posla:
start_time Wed May 3 16:10:31 2023 end_time Wed May 3 18:48:48 2023
Primjer posla bez --nc(bez nextflowa):
Ovaj primjer se odnosi bez konfiguracijskih datoteka, tj bez korištenja nextflow flag-a u komandi. Bez korištenja parametara posao se svojevoljno širi po čvoru i zauzima koliko može resursa, stoga kada dođu na red veliki memorijski procesi oko 20-30% poslova faila jer ostanu bez dostupne memorije. Stoga je potrebno ograničiti broj poslova --chn i --cjn.
Pošto u primjeru zahtjevamo manje resursa brže se dođe na red. Treba pripaziti sa ovom opcijom da ne zadamo previše poslova jer će program ometati druge korisnike. U ovom primjeru 2 big mem posla su zauzela po 8-10 GB radne memorije stoga dajemo 2x15=30GB da se zauzme.
#!/bin/sh #$ -N tg #$ -pe p28-mpisingle 2 #$ -cwd #$ -R y #$ -l memory=15 module load bioinfo/TOGA/1.1.2 toga.py test_input/hg38.mm10.chr11.chain test_input/hg38.genCode27.chr11.bed hg38.2bit mm10.2bit --kt --pn test -i supply/hg38.wgEncodeGencodeCompV34.isoforms.txt --chn $NSLOTS --cjn $NSLOTS --u12 supply/hg38.U12sites.tsv --ms
Vrijeme trajanja ovog primjera posla:
Instalacija:
#Stvaranje conda env za TOGA deps conda create -p /apps/virtenv/TOGA/cenv conda activate /apps/virtenv/TOGA/cenv conda install -c bioconda nextflow #Instaliravanje TOGA programa git clone https://github.com/hillerlab/TOGA.git mv TOGA/ 1.1.2/ cd 1.1.2 pip install -r requirements.txt module load gcc/9 ./configure.sh