Smjernice za dokumentaciju znanstvenih aplikacija.
Opis aplikacije - Kratki opis aplikacije(namjena, performanse, usporedba sa prijašnjim verzijama, usporedba sa sličnim aplikacijama)
Reference(opt)
Službena dokumentacija (glavna stranica aplikacije, github...)
Ime modula i verzije
Primjer slanja poslova sa schedulerom (primjer skripte, izvor datoteka korištenih za primjer)
- Napomene (količina korištenih resursa, I/O upozorenja, mogući bugovi, bitni flagovi)
- Opis dopremanja i instalacije na HPC (korištene knjižnice, prevodioci, putanje, dodatne baze...)
- Benchmarking(opt)
- Novosti od verzije do verzije(changelog sa git-a)(opt)
Grupe aplikacija
- Računalna kemija i fizika čvrstog stanja
- Molekulska dinamika
- Gromacs
- Amber
- Kvantna mehanika
- Orca
- Quantum Espresso
- xTB
- Molekulska dinamika
- Bioinformatika
- Analiza sekvenca
- BLAST
- bwa-mem2
- Sekvenciranje visoke propusnosti
- GATK
- Samtoools
- Filogenetika
- Phyllip
- Analiza sekvenca
- Matematika/statistika
- Deep Learning/Machine Learning
- Dev alati i knjižnice
- Prevodioci
- Jezici
- Knjižnice
- MPI
Baze podataka
- Dostupne baze podataka