Osnovno
NAMD (engl. Nanoscale Molecular Dynamics) je računalno-kemijska aplikacija za molekulsku dinamiku, a koristi se za simuliranje velikih biomolekula, poput proteina, nukleinskih kiselina i membrana. Više možete pročitati na službenim stranicama.
NAMD je na računalnom klasteru Isabella kompajliran s Intelovim kompajlerom, a koristi paralelizaciju na razini threadova, odnosno ne može se širiti izvan jednog fizičkog stroja.
Moduli
Dostupne verzije s pripadajućim modulima su:
Verzija | Modul |
---|---|
2.13 | NAMD/2.13-intel |
Primjer
Jednostavan primjer simulacije ATP-aze F tipa, sa svim potrebnim datotekama možete preuzeti u obliku .zip arhive.
Temeljne konfiguracijske postavke NAMD simulacije u nalaze se u .namd
datoteci.
Primjer SGE skripte, a koja se nalazi i u gore spomenut .zip arhivi dan je niže:
#!/bin/bash #$ -pe *mpisingle 4 #$ -N namd #$ -j y #$ -cwd module load NAMD/2.13-intel namd2 +p${NSLOTS} +setcpuaffinity ${1}
U ovom slučaju, SGE skripta prima jedan argument, a to je već spomenuta konfiguracijska .namd
datoteka.
qsub run.sge f1atpase.namd
Važno
Obavezno koristite paralelnu okolinu mpisingle
kako bi sve zatražene jezgre bile dodijeljene na istom fizičkom čvoru.