Korištenje
Na klasteru je instalirana pomoćna aplikacija structure_threader koja omogućava paralelno izvođenje aplikacija:
...
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
| Verzija | Module |
|---|---|
| 1.3.10 | bioinfo/structure_threader/1.3.10 |
| 1.3.7 | bioinfo/structure_threader/1.3.7 |
Primjer korištenja:
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
#$ -N structure
#$ -pe *mpisingle 8
#$ -cwd
#$ -q test.q
module load bioinfo/structure_threader/1.3.10
str_bin=$(which structure)
structure_threader_exec=$(which structure_threader)
${structure_threader_exec} run -i tests/smalldata/Reduced_dataset.structure -o
results -st ${str_bin} -K 3 -t $NSLOTS -R 5 --params tests/smalldata/mainparams |
...
| Warning | ||
|---|---|---|
| ||
Nužno je koristiti paralelne okoline *mpisingle jer je aplikacija paralelizirana dijeljenjem memorije (shared memory parallel model) |
Instalacija
structure_threader je Python wrapper koji sa sobom donosi glavne aplikacije pa njih nije potrebno posebno instalirati. Distribuira se kroz Python paketni sustav PyPI. Na klasteru je instaliran u zasebnom Python virtual environmentu.
...