...
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 2.9.0 | bioinfo/NCBI-BLAST++/2.9.0 |
| 2.10.0 | bioinfo/NCBI-BLAST++/2.10.0 |
Dostupne verzije BLAST DB:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| v4 | bioinfo/BLASTDB/v4 |
| v5 | bioinfo/BLASTDB/v5 |
| nt | bioinfo/BLASTDB/nt |
Primjer korištenja
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
module load bioinfo/NCBI-BLAST++/2.10.0 blastp -help |
...
Prilikom učitavanja modula aplikacije, BLAST DB v5 putanja se pridružuje varijabli okruženja BLASTDB pomoću koje se onda može referencirati na istu. Ukoliko se želi koristiti BLAST DB v4, učitava se posebno module BLASTDBv4.
| Tip | ||
|---|---|---|
| ||
U ovisnosti o složenosti problema i načinu pokretanja, aplikacija može koristi značajne količine radne memorije te se preporučuje korištenje parametra |
Testni primjer aplikacije.
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash #$ -N blast #$ -cwd #$ -pe *mpimpisingle 8 #$ -l exclusive=1 module load bioinfo/NCBI-BLAST++/2.10.0 blastp -db $BLASTDB/nr -query seq.fasta -num_threads $NSLOTS -out seq.out |
| Code Block |
|---|
qsub blast.sge |
...
Instalacija
Prevođenje - verzija 2.10.0:
| Code Block |
|---|
module load intel/2019 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.0+-src.tar.gz tar -xvf ncbi-blast-2.10.0+-src.tar.gz cd ~/ncbi-blast-2.10.0+-src/c++/compilers/unix ./ICC.sh cd ../../ReleaseMT/build make all_r -j 4 ./install.sh ncbi-blast-bin --srcdir=. # preuzimanje baze blastdp cd /apps/bioinfo/NCBI-BLAST++/BlastDB update_blastdb.pl --blastdb_version 4 nr --decompress cd /apps/bioinfo/NCBI-BLAST++/BlastDB/v5 update_blastdb.pl --blastdb_version 5 nr --decompress |
...