...

NAMD je na računalnom klasteru Isabella kompajliran s Intelovim kompajlerom, a koristi paralelizaciju na razini threadova, odnosno ne može se širiti izvan jednog fizičkog stroja.

Moduli

Dostupne verzije s pripadajućim modulima su:

...

Primjer SGE skripte, a koja se nalazi i u gore spomenut spomenutoj .zip arhivi dan je niže:

#!/bin/bash

#$ -pe *mpisingle 4
#$ -N namd
#$ -j y
#$ -cwd

module load NAMD/2.13-intel

namd2 +p${NSLOTS} +setcpuaffinity ${1}

...

 qsub run.sge f1atpase.namd

Primjer se u p20-mpisingle paralelnoj okolini, uz 4 CPU jezgre, izvodi oko 6 minuta.