Osnovno

NAMD (engl. Nanoscale Molecular Dynamics) je računalno-kemijska aplikacija za molekulsku dinamiku, a koristi se za simuliranje velikih biomolekula, poput proteina, nukleinskih kiselina i membrana. Više možete pročitati na službenim stranicama.

NAMD je na računalnom klasteru Isabella kompajliran s Intelovim kompajlerom, a koristi paralelizaciju na razini threadova, odnosno ne može se širiti izvan jednog fizičkog stroja.

Moduli

Dostupne verzije s pripadajućim modulima

https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

Dostupne verzije su:

Primjer

Jednostavan primjer simulacije ATP-aze F tipa, sa svim potrebnim datotekama možete preuzeti u obliku .zip arhive.

Primjer korištenja

Temeljne konfiguracijske postavke NAMD simulacije u nalaze se u .namd datoteci.

Primjer SGE skripte, a koja se nalazi i u gore spomenutoj .zip arhivi dan je niže:

#!/bin/bash

#$ -pe *mpisingle 4
#$ -N namd
#$ -j y
#$ -cwd

module load NAMD/2.13-intel

namd2 +p${NSLOTS} +setcpuaffinity ${1}

U ovom slučaju, SGE skripta prima jedan argument, a to je već spomenuta konfiguracijska .namd datoteka.

 qsub run.sge f1atpase.namd

Primjer se u p20-mpisingle paralelnoj okolini, uz 4 CPU jezgre, izvodi oko 6 minuta.