...
| Code Block |
|---|
#$ -pe *mpisingle 8 module load gromacs/5.1.4 gmx mdrun -nt $NSLOTS -nice 0 -v -c conf30.gro -s topol30.tpr -px pullx30.xvg -pf pullf30.xvg -g md30.log -e ener30.edr -x traj30.xtc -cpi state.cpt -append |
| Warning |
|---|
Gromacs verzija 5.1.4 zahtijeva parametar "-nice 0", kod novijih verzija taj parametar nije potreban. |
Primjer korištenja MPI verzije:
| Code Block |
|---|
#$ -pe *mpifull 56
module load gromacs/2018.4
mpirun_rsh -np $NSLOTS -hostfile $TMPDIR/machines gmx mdrun -ntomp 1 -v -c conf30.gro -s topol30.tpr -px pullx30.xvg -pf pullf30.xvg -g md30.log -e ener30.edr -x traj30.xtc -cpi state.cpt -append OBAVEZNO koristiti uz mpisingle, te ne širiti proces na više od 16 jezgri |
Gromacs multithread je preveden s Intel 2019 i parametrima:
...