...
Na računalnom klasteru Isabella koristi se alat Modulefiles za podršku instalacije više različitih verzija istih programa. Za svaku verziju dostupnog programa pripremljen je modul u kojem je definirano koje varijable okoline se postavljaju prilikom aktivacije modula.
Osnovna naredba za rad s Modulefiles je module. Sve izmjene nad varijablama okoline odnose se isključivo za aktivnu sesiju, odnosno za pokrenuti posao. Stoga je module potrebno aktivirati kod svakog podnošenja posla.
...
Code Block |
---|
module show ime_modula |
Tip |
---|
Svaki znanstveni softver koji je besplatan dostupan je akademskoj i znanstvenoj zajednici. Korisnici mogu zatražiti zahtjev za njegovu instalaciju putem kontakta isabella@srce.hr. |
Prevodioci
Intel
U tablici su navedene dostupne verzije Intel prevodilaca i pripadni moduli. Preporuča se korištenje najnovije verzije - Intel 2019.
...
Koristan link za prevođenje aplikacija s korištenjem knjižnica Intel MKL: Intel MKL link advisor.
Intel oneAPI
Dostupne verzije Intel oneAPI prevodilacaU tablici su navedene dostupne verzije Intel oneAPI prevodilaca i pripadni moduli. Preporuča se korištenje najnovije verzije - Intel 2019.
Verzija | Modul |
---|---|
Intel oneAPI Compilers 2022 | 2022.0.2 |
Za prevođenja pograma koriste se:
- icc - Intel(R) C++ Compiler Classic
- icpc - Intel(R) C Compiler Classic
- ifort - Intel(R) Fortran Compiler Classic
- icx - Intel(R) oneAPI C Compiler
- icpx - Intel(R) oneAPI C++ Compiler
- ifx - Intel(R) Fortran Compiler
- dpcpp - Intel(R) oneAPI DPC++ (Data Parallel C++)
Primjer:
Code Block |
---|
module load oneAPI/intel-oneapi-compilers-2022.0.2 icx --version |
GCC
Različite verzije GNU C i C++ prevodilaca su na klaster instalirane iz Software Collections repozitorija.
...
Knjižnice i prevodioci za NVIDIA GPU-ove. Više informacija možete pronaći na adresi: https://developer.nvidia.com/hpc-sdk.
Verzija | Modul | |
---|---|---|
NVIDIA HPC SDK | 20.7 | nvhpc/20.7 |
21.5 | nvhpc/21.5 | |
22.2 | nvhpc/22.2 | |
NVIDIA HPC SDK bez prevodioca | 20.7 | nvhpc-byo-compiler/20.7 |
21.5 | nvhpc-byo-compiler/21.5 | |
22.2 | nvhpc-byo-compiler/22.2 | |
NVIDIA HPC SDK bez MPI | 20.7 | nvhpc-nompi/20.7 |
21.5 | nvhpc-nompi/21.5 | |
22.2 | nvhpc-nompi/22.2 |
Za prevođenja pograma koriste se:
...
Verzija | Prevodilac | Modul |
---|---|---|
MVAPICH2 2.0 | GNU 4.8.5 | mpi/mvapich2-2.0-x86_64 mpi/mvapich2-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | GNU 4.8.5 | mpi/mvapich2-2.2-x86_64 |
MVAPICH2 2.3 | GNU 4.8.5 | mpi/mvapich23-x86_64 |
MVAPICH2 2.0 | Intel 2017 | mpi/mvapich2-intel2017-2.0-x86_64 mpi/mvapich2-intel2017-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | Intel 2017 | mpi/mvapich2-intel2017-2.2-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | Intel 2017, CUDA 9.0 | mpi/mvapich2-intel2017-cuda90-2.2-x86_64 |
MVAPICH2 2.0 | Intel 2018 | mpi/mvapich2-intel2018-x86_64 mpi/mvapich2-intel2018-2.0-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | Intel 2018 | mpi/mvapich2-intel2018-2.2-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | Intel 2018, CUDA 10.0 | mpi/mvapich2-intel2018-cuda-2.2-x86_64 |
MVAPICH2 2.0 | Intel 2019 | mpi/mvapich2-intel-2.0-x86_64 mpi/mvapich2-intel-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | Intel 2019 | mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | Intel 2019, CUDA 10.1 | mpi/mvapich2-intel2019-cuda101-2.2-x86_64 |
OpenMPI 1.10 | GNU 4.8.5 | mpi/openmpi-x86_64 |
OpenMPI 3.0 | GNU 4.8.5 | mpi/openmpi3-x86_64 |
OpenMPI 3.1 | GNU 4.8.5 | mpi/openmpi31-x86_64 |
OpenMPI 4.1 | GNU 4.8.5 | mpi/openmpi41-x86_64 |
OpenMPI 1.10 | Intel 2019 | mpi/openmpi-intel-x86_64 |
OpenMPI 1.10 | Intel 2019, CUDA 10.0 | mpi/openmpi-intel-cuda-x86_64 |
OpenMPI 2.1 | Intel 2017 | openmpi21-intel-x86_64 |
OpenMPI 3.0 | Intel 2019 | mpi/openmpi3-intel-x86_64 |
OpenMPI 3.0 | Intel 2019, CUDA 10.0 | mpi/openmpi3-intel-cuda-x86_64 |
OpenMPI 3.1 | Intel 2019 | mpi/openmpi31-intel-x86_64 |
OpenMPI 4.1 | Intel 2019 | mpi/openmpi41-intel-x86_64 |
OpenMPI 3.1 | PGI Community Edition Version 19.10 | mpi/openmpi31-pgi-x86_64 |
Intel MPI 2021.5 | Intel MPI 2021 | oneAPI/intel-oneapi-mpi-2021.5.1 |
MVAPICH2
Primjer pokretanja aplikacije prevedene s MVAPICH2 2.2:
...
Code Block |
---|
module load mpi/openmpi3-intel-x86_64
mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMPDIR/machines applikacija |
Intel MPI
Primjer pokretanja aplikacije prevedene s Intel MPI:
Code Block |
---|
module load oneAPI/intel-oneapi-mpi-2021.5.1 mpirun -np $NSLOTS -hosts applikacija |
Korisničke aplikacije
...