Modulefiles

Na računalnom klasteru Isabella koristi se alat Modulefiles za podršku instalacije više različitih verzija istih programa. Za svaku verziju dostupnog programa pripremljen je modul u kojem je definirano koje varijable okoline se postavljaju prilikom aktivacije modula.

Osnovna naredba za rad s Modulefiles je module. Sve izmjene nad varijablama okoline odnose se isključivo za aktivnu sesiju, odnosno za pokrenuti posao. Stoga je module potrebno aktivirati kod svakog podnošenja posla.

...

module show ime_modula

Prevodioci

Intel

U tablici su navedene dostupne verzije Intel prevodilaca i pripadni moduli. Preporuča se korištenje najnovije verzije - Intel 2019.

...

Koristan link za prevođenje aplikacija s korištenjem knjižnica Intel MKL: Intel MKL link advisor.

Intel oneAPI

Dostupne verzije Intel oneAPI prevodilacaU tablici su navedene dostupne verzije Intel oneAPI prevodilaca i pripadni moduli. Preporuča se korištenje najnovije verzije - Intel 2019.

Za prevođenja pograma koriste se:

• icc - Intel(R) C++ Compiler Classic
• icpc - Intel(R) C Compiler Classic
• ifort - Intel(R) Fortran Compiler Classic
• icx - Intel(R) oneAPI C Compiler
• icpx - Intel(R) oneAPI C++ Compiler
• ifx - Intel(R) Fortran Compiler
• dpcpp - Intel(R) oneAPI DPC++ (Data Parallel C++)

Primjer:

module load oneAPI/intel-oneapi-compilers-2022.0.2
icx --version

GCC

Različite verzije GNU C i C++ prevodilaca su na klaster instalirane iz Software Collections repozitorija.

...

Primjer:

module load gcc/8
gcc -v
Using built-in specs.
COLLECT_GCC=gcc
COLLECT_LTO_WRAPPER=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/libexec/gcc/x86_64-redhat-linux/8/lto-wrapper
Target: x86_64-redhat-linux
Configured with: ../configure --enable-bootstrap --enable-languages=c,c++,fortran,lto --prefix=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr --mandir=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/share/man --infodir=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/share/info --with-bugurl=http://bugzilla.redhat.com/bugzilla --enable-shared --enable-threads=posix --enable-checking=release --enable-multilib --with-system-zlib --enable-__cxa_atexit --disable-libunwind-exceptions --enable-gnu-unique-object --enable-linker-build-id --with-gcc-major-version-only --with-linker-hash-style=gnu --with-default-libstdcxx-abi=gcc4-compatible --enable-plugin --enable-initfini-array --with-isl=/builddir/build/BUILD/gcc-8.2.1-20180905/obj-x86_64-redhat-linux/isl-install --disable-libmpx --enable-gnu-indirect-function --with-tune=generic --with-arch_32=x86-64 --build=x86_64-redhat-linux
Thread model: posix
gcc version 8.2.1 20180905 (Red Hat 8.2.1-3) (GCC)

PGI

Dostupan je i PGI Community Edition Version 19.10 prevodioc.

...

module load pgi/19.10
pgcc --version
pgc++ --version
pgfortran --version

NVIDIA HPC SDK

Knjižnice i prevodioci za NVIDIA GPU-ove. Više informacija možete pronaći na adresi: https://developer.nvidia.com/hpc-sdk.

Za prevođenja pograma koriste se:

• nvc - prevodilac za C
• nvc++ - prevodilac za C++
• nvfortran - prevodilac za Fortran.

MPI

U tablici su navedene dostupne verzije knjižnica MPI i pripadni moduli. Preporuča se korištenje verzija pripremljenih s Intel prevodiocima.

MVAPICH2

Primjer pokretanja aplikacije prevedene s MVAPICH2 2.2:

module load mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64
mpirun_rsh -np $NSLOTS -hostfile $TMPDIR/machines -export-all applikacija

OpenMPI

Primjer pokretanja aplikacije prevedene s OpenMPI 3:

module load mpi/openmpi3-intel-x86_64
mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMPDIR/machines applikacija

Intel MPI

Primjer pokretanja aplikacije prevedene s Intel MPI:

module load oneAPI/intel-oneapi-mpi-2021.5.1 mpirun -np $NSLOTS -hosts applikacija

Korisničke aplikacije

Informacije o korisničkim aplikacijama koje održava Srce možete pronaći na stranicama:

...