Table of Contents |
---|
Modulefiles
Na računalnom klasteru Isabella koristi se alat Modulefiles za podršku instalacije više različitih verzija istih programa. Za svaku verziju dostupnog programa pripremljen je modul u kojem je definirano koje varijable okoline se postavljaju prilikom aktivacije modula.
Osnovna naredba za rad s Modulefiles je module. Sve izmjene nad varijablama okoline odnose se isključivo za aktivnu sesiju, odnosno za pokrenuti posao. Stoga je module potrebno aktivirati kod svakog podnošenja posla.
Popis dostupnih programa modula može se dobiti naredbom:
Code Block |
---|
module avail |
Ili popis programa za određeni alat, npr mpi:
Code Block |
---|
module avail mpi |
Postavljanje Akiviranje modula, odnosno postavljanje potrebnih varijable okoline obavlja se naredbom::
Code Block |
---|
module load ime_modula |
Izmjena aktivne verzije modula:
Code Block |
---|
module |
...
switch ime_modula nova_verzija |
konkretan primjer izmjene MPI okoline:
Code Block |
---|
# module load mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64
# which mpicc
/usr/lib64/mvapich2-intel-2.2/bin/mpicc
# module switch mpi mpi/openmpi3-intel-x86_64
# which mpicc
/usr/lib64/openmpi3-intel/bin/mpicc |
Pregled svih aktivnih modula za koje je prethodno izvedena naredba load ili koji su učitani od strane drugog modula:
Code Block |
---|
module list |
Deaktivacija modula, odnosno uklanjanje varijabli okoline postavljenih od određenog modula:
Code Block |
---|
module unload ime_modula |
Deaktivacija svih modula:
Code Block |
---|
module purge |
Pregled akcija nad varijablama okoline koje određeni modul izvršava:
Code Block |
---|
module show ime_modula |
Tip |
---|
Svaki znanstveni softver koji je besplatan dostupan je akademskoj i znanstvenoj zajednici. Korisnici mogu zatražiti zahtjev za njegovu instalaciju putem kontakta isabella@srce.hr. |
Prevodioci
Intel
U tablici su navedene dostupne verzije Intel prevodilaca i pripadni moduli. Preporuča se korištenje najnovije verzije - Intel 2019.
Verzija | Modul |
---|---|
Intel 2019 | intel/2019 |
Intel 2018 | intel/2018 |
Intel 2017 | intel/2017 |
Za prevođenja pograma koriste se:
- icc - prevodilac za C
- ifort - prevodilac za Fortran.
Instalirane su i matematičke knjižnice Intel MKL (engl. Math Kernel Library) koje se nalaze u $MKLROOT. Upute za korištenje knjižnica: MKL Developer Guide. Parametri za prevođenje u paralelnih aplikacija u Fortranu:
Code Block |
---|
export FFLAGS="-i8 -I${MKLROOT}/include/intel64/ilp64 -I${MKLROOT}/include"
export FCFLAGS=$FFLAGS
export LIBS="${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_blas95_ilp64.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_lapack95_ilp64.a -L${MKLROOT}/lib/intel64 -lmkl_scalapack_ilp64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_ilp64 -lpthread -lm -ldl" |
Koristan link za prevođenje aplikacija s korištenjem knjižnica Intel MKL: Intel MKL link advisor.
Intel oneAPI
Dostupne verzije Intel oneAPI prevodilacaU tablici su navedene dostupne verzije Intel oneAPI prevodilaca i pripadni moduli. Preporuča se korištenje najnovije verzije - Intel 2019.
Verzija |
---|
Modul | |
---|---|
Intel oneAPI Compilers 2022 | 2022.0.2 |
Za prevođenja pograma koriste se:
- icc - Intel(R) C++ Compiler Classic
- icpc - Intel(R) C Compiler Classic
- ifort - Intel(R) Fortran Compiler Classic
- icx - Intel(R) oneAPI C Compiler
- icpx - Intel(R) oneAPI C++ Compiler
- ifx - Intel(R) Fortran Compiler
- dpcpp - Intel(R) oneAPI DPC++ (Data Parallel C++)
Primjer:
Code Block |
---|
module load oneAPI/intel-oneapi-compilers-2022.0.2
icx --version |
GCC
Različite verzije GNU C i C++ prevodilaca su na klaster instalirane iz Software Collections repozitorija.
U tablici su navedene dostupne verzije GNU C i C++ prevodilaca i pripadni moduli.
Verzija | Modul |
---|---|
GCC 7.3.1 | gcc/7 |
GCC 8.2.1 | gcc/8 |
GCC 9.3.1 | gcc/9 |
Primjer:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
module load gcc/8
gcc -v
Using built-in specs.
COLLECT_GCC=gcc
COLLECT_LTO_WRAPPER=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/libexec/gcc/x86_64-redhat-linux/8/lto-wrapper
Target: x86_64-redhat-linux
Configured with: ../configure --enable-bootstrap --enable-languages=c,c++,fortran,lto --prefix=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr --mandir=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/share/man --infodir=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/share/info --with-bugurl=http://bugzilla.redhat.com/bugzilla --enable-shared --enable-threads=posix --enable-checking=release --enable-multilib --with-system-zlib --enable-__cxa_atexit --disable-libunwind-exceptions --enable-gnu-unique-object --enable-linker-build-id --with-gcc-major-version-only --with-linker-hash-style=gnu --with-default-libstdcxx-abi=gcc4-compatible --enable-plugin --enable-initfini-array --with-isl=/builddir/build/BUILD/gcc-8.2.1-20180905/obj-x86_64-redhat-linux/isl-install --disable-libmpx --enable-gnu-indirect-function --with-tune=generic --with-arch_32=x86-64 --build=x86_64-redhat-linux
Thread model: posix
gcc version 8.2.1 20180905 (Red Hat 8.2.1-3) (GCC) |
PGI
Dostupan je i PGI Community Edition Version 19.10 prevodioc.
Verzija | Modul |
---|---|
PGI Community Edition Version 19.10 | pgi/19.10 |
Za prevođenja pograma koriste se:
- pgcc - prevodilac za C
- pgc++ - prevodilac za C++
- pgfortran - prevodilac za Fortran.
Primjer:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
module load pgi/19.10
pgcc --version
pgc++ --version
pgfortran --version |
NVIDIA HPC SDK
Knjižnice i prevodioci za NVIDIA GPU-ove. Više informacija možete pronaći na adresi: https://developer.nvidia.com/hpc-sdk.
Verzija | Modul | |
---|---|---|
NVIDIA HPC SDK | 20.7 | nvhpc/20.7 |
21.5 | nvhpc/21.5 | |
22.2 | nvhpc/22.2 | |
NVIDIA HPC SDK bez prevodioca | 20.7 | nvhpc-byo-compiler/20.7 |
21.5 | nvhpc-byo-compiler/21.5 | |
22.2 | nvhpc-byo-compiler/22.2 | |
NVIDIA HPC SDK bez MPI | 20.7 | nvhpc-nompi/20.7 |
21.5 | nvhpc-nompi/21.5 | |
22.2 | nvhpc-nompi/22.2 |
Za prevođenja pograma koriste se:
- nvc - prevodilac za C
- nvc++ - prevodilac za C++
- nvfortran - prevodilac za Fortran.
MPI
U tablici su navedene dostupne verzije knjižnica MPI i pripadni moduli. Preporuča se korištenje verzija pripremljenih s Intel prevodiocima.
Verzija | Prevodilac | Modul |
---|---|---|
MVAPICH2 2.0 | GNU 4.8.5 | mpi/mvapich2-2.0-x86_64 mpi/mvapich2-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | GNU 4.8.5 | mpi/mvapich2-2.2-x86_64 |
MVAPICH2 2.3 | GNU 4.8.5 | mpi/mvapich23-x86_64 |
MVAPICH2 2.0 | Intel 2017 | mpi/mvapich2-intel2017-2.0-x86_64 mpi/mvapich2-intel2017-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | Intel 2017 | mpi/mvapich2-intel2017-2.2-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | Intel 2017, CUDA 9.0 | mpi/mvapich2-intel2017-cuda90-2.2-x86_64 |
MVAPICH2 2.0 | Intel 2018 | mpi/mvapich2-intel2018-x86_64 mpi/mvapich2-intel2018-2.0-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | Intel 2018 | mpi/mvapich2-intel2018-2.2-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | Intel 2018, CUDA 10.0 | mpi/mvapich2-intel2018-cuda-2.2-x86_64 |
MVAPICH2 2.0 | Intel 2019 | mpi/mvapich2-intel-2.0-x86_64 mpi/mvapich2-intel-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | Intel 2019 | mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64 |
MVAPICH2 2. |
2 | Intel 2019, CUDA 10.1 | mpi/ |
mvapich2-intel2019-cuda101-2.2-x86_64 | ||
OpenMPI 1.10 | GNU 4.8.5 | mpi/openmpi-x86_64 |
OpenMPI 3.0 | GNU 4.8.5 | mpi/openmpi3-x86_64 |
OpenMPI 3.1 | GNU 4.8.5 | mpi/openmpi31-x86_64 |
OpenMPI 4.1 | GNU 4.8.5 | mpi/openmpi41-x86_64 |
OpenMPI 1.10 | Intel 2019 | mpi/openmpi-intel-x86_64 |
OpenMPI 1.10 | Intel 2019, CUDA 10.0 | mpi/openmpi-intel-cuda-x86_64 |
OpenMPI 2.1 | Intel 2017 | openmpi21-intel-x86_64 |
OpenMPI 3.0 | Intel 2019 | mpi/openmpi3-intel-x86_64 |
OpenMPI 3.0 | Intel 2019, CUDA 10.0 | mpi/openmpi3-intel-cuda-x86_64 |
OpenMPI 3.1 | Intel 2019 | mpi/openmpi31-intel-x86_64 |
OpenMPI 4.1 | Intel 2019 | mpi/openmpi41-intel-x86_64 |
OpenMPI 3.1 | PGI Community Edition Version 19.10 | mpi/openmpi31-pgi-x86_64 |
Intel MPI 2021.5 | Intel MPI 2021 | oneAPI/intel-oneapi-mpi-2021.5.1 |
MVAPICH2
Primjer pokretanja aplikacije prevedene s MVAPICH2 2.2:
Code Block |
---|
module load mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64
mpirun_rsh -np $NSLOTS -hostfile $TMPDIR/machines -export-all applikacija |
OpenMPI
Primjer pokretanja aplikacije prevedene s OpenMPI 3:
Code Block |
---|
module load mpi/openmpi3-intel-x86_64
mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMPDIR/machines applikacija |
Intel MPI
Primjer pokretanja aplikacije prevedene s Intel MPI:
Code Block |
---|
module load oneAPI/intel-oneapi-mpi-2021.5.1 mpirun -np $NSLOTS -hosts applikacija |
Korisničke aplikacije
Informacije o korisničkim aplikacijama koje održava Srce možete pronaći na stranicama:
Children Display |
---|