Svaki korisnik može vidjeti profile drugih korisnika u e-kolegiju. Odabirom imena željenoga korisnika iz popisa svih ili korisnika koji su trenutačno online ostvaruje se pristup korisničkomu profilu. Sustav omogućava izravno slanje poruke drugome korisniku odabirom poveznice Pošalji poruku Poruka u profilu te osobe ili ikone u
u popisu korisnika.
Dolazne poruke vidljive su u traci s izbornicima pored ikone
(Poruke). Prikazan je broj primljenih poruka, a u padajućemu izborniku odabirom ikone i imena korisnika koji su poslali poruku.
Ako korisnik kojem se šalje poruka u trenutku slanja nije prijavljen u sustavu, poruka će, sukladno zadanim postavkama, biti poslana i na adresu e-pošte.
Postavke vezane uz način dostavljanja primljenih poruka moguće je mijenjati odabirom mogućnosti Postavke → Postavke poruka iz padajućeg izbornika osobnoga profila, smještenoga na traci s izbornicima.
Korisnik može postaviti da mu obavijesti o pristiglim porukama pristižu putem adrese e-pošte ili kao obavijest na mobilni uređaj ovisno o tome nalazi li se ili ne nalazi trenutačno u sustavu.
Postavke poruka
Arhiva poruka dostupna je u traci s izbornicima odabirom ikone
(Poruke). Odabirom pojedinoga korisnika može se pregledati povijest razgovora.
Unutar sustava Merlin moguće je slanje poruke samo jednome sudioniku e-kolegija ili slanje iste poruke većem broju sudionika.
Pojedinačne poruke
Poruka se šalje drugim sudionicima kroz njihov profil (za nove razgovore) ili odabirom ikone
(Poruke) u traci s izbornicima (za nastavak prijašnjih razgovora). Svaki korisnik može vidjeti profile drugih korisnika u e-kolegiju i to na više mjesta u sustavu:
- u bloku Korisnici online
- odabirom bloka Administracija → Administracija e-kolegija → Korisnici → Postojeći korisnici (samo nastavnici)
- odabirom poveznice Sudionici unutar padajućega izbornika Sadržaj na traci s izbornicima
Odabirom imena željenoga korisnika ostvaruje se pristup korisničkomu profilu. Sustav omogućava izravno slanje poruke drugome korisniku odabirom dugmeta poveznice Poruka u profilu te osobe ili ikone
(Pošalji poruku) u popisu korisnika i bloku Korisnici online . Poruka se može poslati i korisnicima koji nisu upisani u e-kolegij ili trenutno nisu nisu online u u sustavu, odabirom poveznice Poruke iz poveznice Arhiva poruka iz padajućeg izbornika osobnoga profila . U te pretraživanjem korisnika odabirom poveznice Kontakti. U slučaju prethodne komunikacije, istoj se pristupa odabirom ikone 
(Poruke) na traci s izbornicima.
Grupne poruke
Poveznica na popis svih korisnika upisanih u e-kolegij nalazi se na traci s izbornicima u padajućem izborniku Sadržaj izborniku Sadržaj ili odabirom poveznice Administracija → Administracija e-kolegija → Korisnici → Sudionici.
Kroz popis sudionika omogućeno je slanje iste poruke većemu broju korisnika e-kolegija.
Nakon odabira korisnika potrebno je u padajućem izborniku S odabranim korisnicima odabrati Pošalji poruku.
Odabir korisnika kojima će poruka biti poslana
Nakon upisa teksta, izgled poruke se može pregledati odabirom dugmeta Pregled ili se poruka može odmah poslati odabirom dugmeta Pošalji poruku.
Pregled i slanje grupne poruke
Ako je e-kolegij podijeljen u grupe, u gornjemu se dijelu pojavljuje padajući izbornik iz kojeg je moguće odabrati grupu te polje za pretraživanje moguće je upisati željenu grupu te nakon njenog odabira poslati poruku samo članovima te grupe.
Brisanje poruka
Brisanje poruka
Za brisanje poruka potrebno je odabrati poveznicu Uredi smještenu u gornjem desnom kutu sučelja za poruke, zatim označiti poruku koju želite izbrisati te odabrati poveznicu Izbiši označene poruke.
Poruka koju korisnik izbriše bit će izbrisana samo iz njegove arhive poruka dok će ona i dalje biti vidljiva ostalim korisnicima koji su primili tu poruku.