...
Dostupne baze za korištenje
Baze se nalaze u $BLASTDB varijabli
- nr/nr
- $BLASTDB_TAX/nr/nr - baza sa taksonomskim značajkama
- swissprot/swissprot
- nt/nt_fa/nt
- pfam/Pfam-A.fasta
- cog/cog-20.fakog
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash #PBS -N dmd-blastp #PBS -l select=1:ncpus=12:mem=64GB #PBS -q cpu cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/DIAMOND/2.1.8 diamond blastp -d $BLASTDB/swissprot/swissprot -q protein.fa -o matches_swissprot.tsv --threads $NCPUS |
...