...
BBTools je skup brzih, bioinformatičkih alata dizajniranih za analizu podataka sekvenci DNA i RNA. BBTools može rukovati uobičajenim formatima datoteka sekvenciranja kao što su fastq, fasta, sam, scarf, fasta+qual, komprimirani ili sirovi, s automatskim otkrivanjem kvalitetnog kodiranja i ispreplitanja. Napisan je u Javi i radi na bilo kojoj platformi koja podržava Javu, uključujući Linux, MacOS i Microsoft Windows i Linux; nema ovisnosti osim Jave (verzija 7 ili novija). Opisi programa i opcije prikazani su kada se skripte izvode bez parametara.
Verzije
Verzija | Modul | Supek | Padobran |
---|---|---|---|
39.06 | scientific/bbtools/39.06 |
Službena dokumentacija
...
- Popis alata: https://github.com/BioInfoTools/BBMap/blob/master/docs/TableOfContents.txt
- Popis referentnih datoteka pod $REF varijablom: https://github.com/BioInfoTools/BBMap/tree/master/resources
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash #PBS -N bbtools-map #PBS -l select=1:ncpus=12:mem=20GB #PBS -q cpu cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/bbtools/39.06 bbduk.sh -Xmx20g in=trinityAB_adapt_output1filtered.Trinity.fastafsa out=cleaned.fa ref=AB_adapt_filtered.fsa$REF/adapters.fa --threads=$NCPUS |