Versions Compared

Old Version 2

changes.mady.by.user Kristijan Mrkalj

Saved on

compared with

New Version Current

changes.mady.by.user Kristijan Mrkalj

Saved on

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

Table of Contents

Opis

Avogadro je računalno-kemijska aplikacija za vizualizaciju molekula.

Verzije

VerzijaModulPodrškaSupekPadobran
1.2.0scientific/avogadro/1.2.0CPUcheck mark button check mark button 

Napomene

Warning

Avogadro je potrebno koristiti isključivo za vizualizaciju.

Warning

Kako bi se aplikacija uspješno pokrenula, potrebno je spojiti se na pristupni čvor uz prosljeđivanje X11.

U slučaju korištenja Linuxa ili macOS-a, koristite naredbu:

ssh -X -i ~/.ssh/id_rsa username@login-cpu.hpc.srce.hr

U slučaju korištenja Windowsa, potrebno je preuzeti aplikaciju Xming te je pokrenuti prije pokretanja PuTTY-ja.

Unutar PuTTY-ja, potrebno je uključiti X11 forwarding (Connection → SSH → X11, Enable X11 forwarding).


Primjer korištenja

Učitajte modul:

Code Block
languagetext
themeMidnight
$ module load scientific/avogadro/1.2.0

Pokrenite aplikaciju, odnosno otvorite željenu strukturu:

Code Block
languagetext
themeMidnight
$ avogadro C2H4BrCl.xyz