Versions Compared

Old Version 11

changes.mady.by.user Kristijan Mrkalj

Saved on

compared with

New Version Current

changes.mady.by.user Kristijan Mrkalj

Saved on

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

Table of Contents

Opis

Multiwfn je računalno-kemijska aplikacija za analizu elektronskih valnih funkcija.

Multiwfn je otvorenog koda, a posjeduje i mogućnost rada u GUI-ju (grafičkom korisničkom sučelju).

Službena dokumentacija

Verzije

(error)
VerzijaModulKompajlerPodrškaParalelizacija *SupekPadobran
3.8scientific/multiwfn/3.8GNU C kompajler, Intel Fortran kompajlerCPUSMPcheck mark button 
check mark button 
Tip
iconfalse

Kod paralelizacije s dijeljenom memorijom (engl. Shared-Memory Parallelism, SMP) program je podijeljen na više threadova i svi imaju pristup istoj, tj. zajedničkoj (dijeljenoj) memoriji.

To znači da se aplikacija mora izvršavati na jednom radnom čvoru.

Izvršne datoteke

MultiwfnMultiwfn_noGUI

Napomena

Tip
iconfalse

Kako bi se aplikacija uspješno pokrenula uz korištenje grafičkog sučelja, potrebno je spojiti se na pristupni čvor uz prosljeđivanje X11.

U slučaju korištenja Linuxa ili macOS-a, koristite naredbu:

ssh -X -i ~/.ssh/id_rsa username@login-cpu.hpc.srce.hr

U slučaju korištenja Windowsa, potrebno je preuzeti aplikaciju Xming te je pokrenuti prije pokretanja PuTTY-ja.

Unutar PuTTY-ja, potrebno je uključiti X11 forwarding (Connection → SSH → X11, Enable X11 forwarding).

Primjer korištenja

  • Za interaktivno pokretanje uz GUI, prvo je potrebno pokrenuti interaktivan posao, uz prosljeđivanje X:
Code Block
languagetext
themeMidnight
$ qsub -I -X -q cpu -l select=1:ncpus=16:mem=32gb
  •  Po pokretanju interaktivno posla, smjestit ćete se u home direktorij. Navigirajte do direktorija u kojem se nalaze Vaša input datoteka, npr.:
Code Block
languagetext
themeMidnight
$ cd multiwfn/
  • Učitajte modul, a zatim pokrenite aplikaciju.
    • Broj traženih jezgri, odnosno argument -nt opcije aplikacije preuzet će se iz Vaše okoline, tj. iz ncpus opcije.
    • OMP_STACKSIZE varijabla automatski će se postaviti po formuli (0.75*mem)/ncpus
Code Block
languagetext
themeMidnight
$ module load scientific/multiwfn/3.8

$ Multiwfn H2O_m3ub3lyp.wfn
  • U promptu odaberite željene opcije: