Prijenos na Galaxy
U korisničkom sučelju:
Otvara izbornik:
- Choose local files - upload lokalno sa računala
- Paste/Fetch data - upload datoteka sa linka:
Prijenos datoteka sa Padobrana
...
U Galaxy sučelju se generira API key:
- User → Preferences → Manage Api Key
Stvorimo novi key:
Kopiramo stvoreni key:
Na Padobranu napravimo sljedeće:
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#Učitamo modul za galaxy-upload
module load utils/galaxy-upload/1.0.1
#Učitamo varijablu za api key
export GALAXY_API_KEY=#ovdje ide vaš generirani api key
#Prebacimo se u željeni direktorij
cd bio_data
#Upload naredba se sastoji od galaxy-upload naredbe, ime history-a ili id historya u koji se učitavaju datoteke
# i ime datoteke
galaxy-upload --history-name mapiranje ERR022075_1.fastq
#Za više informacija
galaxy-upload --help |