Prijenos na Galaxy

U korisničkom sučelju: 

Otvara izbornik:

  • Choose local files - upload lokalno sa računala
  • Paste/Fetch data - upload datoteka sa linka:


Prijenos datoteka sa Padobrana

U Galaxy sučelju se generira API key:

  • User → Preferences → Manage Api Key

Stvorimo novi key:


Kopiramo stvoreni key:


Primjer prijenosa datoteka sa padobrana

Primjer uploada sa Padobrana na Galaxy
#Učitamo modul za galaxy-upload
module load utils/galaxy-upload/1.0.1

#Učitamo varijablu za api key
export GALAXY_API_KEY=#ovdje ide vaš generirani api key

#Prebacimo se u željeni direktorij
cd bio_data

#Upload naredba se sastoji od galaxy-upload naredbe, ime history-a ili id historya u koji se učitavaju datoteke
# i ime datoteke

#Pretraživanje informacija o dostupnim povijesnim sekcijama
galaxy-search-history

#Učitavanje datoteke u Galaxy
galaxy-upload –-history-name #ime povijesne sekcije) ERR022075_1.fastq
#ili
galaxy-upload –-history-id #id povijesne sekcije) ERR022075_1.fastq

#Za više informacija
galaxy-upload --help


  • No labels