Prijenos na Galaxy
U korisničkom sučelju:
Otvara izbornik:
- Choose local files - upload lokalno sa računala
- Paste/Fetch data - upload datoteka sa linka:
Prijenos datoteka sa Padobrana
U Galaxy sučelju se generira API key:
- User → Preferences → Manage Api Key
Stvorimo novi key:
Kopiramo stvoreni key:
Primjer prijenosa datoteka sa padobrana
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#Učitamo modul za galaxy-upload
module load utils/galaxy-upload/1.0.1
#Učitamo varijablu za api key
export GALAXY_API_KEY=#ovdje ide vaš generirani api key
#Prebacimo se u željeni direktorij
cd bio_data
#Upload naredba se sastoji od galaxy-upload naredbe, ime history-a ili id historya u koji se učitavaju datoteke
# i ime datoteke
#Pretraživanje informacija o dostupnim povijesnim sekcijama
galaxy-search-history
#Učitavanje datoteke u Galaxy
galaxy-upload –-history-name #ime povijesne sekcije) ERR022075_1.fastq
#ili
galaxy-upload –-history-id #id povijesne sekcije) ERR022075_1.fastq
#Za više informacija
galaxy-upload --help |