Versions Compared
compared with
Key
- This line was added.
- This line was removed.
- Formatting was changed.
Opis
Panel | ||
---|---|---|
| ||
trimAl je alat za automatizirano uklanjanje lažnih sekvenci ili loše usklađenih regija iz poravnanja više sekvenci. trimAl može uzeti u obzir nekoliko parametara, pojedinačno ili u više kombinacija, kako bi odabrao najpouzdanije položaje u poravnanju. Oni uključuju udio nizova s razmakom, razinu sličnosti ostataka i, ako je dano nekoliko poravnanja za isti skup nizova, razinu dosljednosti stupaca među poravnanjima. Štoviše, trimAl može ručno odabrati skup stupaca koji će biti uklonjeni iz poravnanja. |
Dostupne verzije
Verzija | Modul | Supek | Padobran |
---|---|---|---|
1.4.1 | scientific/trimal/1.4.1 |
Službena dokumentacija
Primjer
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash
#PBS -N trimal-test
#PBS -q cpu
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/trimal/1.4.1
trimal.sh trimal -in example.068.AA.strNOG.ENOG411BE45.fasta -out example.068.AA.strNOG.ENOG411BE45.fasta.trimmed |