Page History

Corset je softverski program naredbenog retka za prelazak s de novo sklapanja transkriptoma na brojanje na razini gena. Naš softver uzima skup čitanja koja su višestruko mapirana na transkriptom (gdje je prijavljeno više poravnanja po čitanju) i hijerarhijski grupira transkripte na temelju udjela zajedničkih čitanja i obrazaca izražavanja. Izvijestit će o klasterima i brojevima na razini gena za svaki uzorak, koji se lako testiraju na diferencijalnu ekspresiju pomoću alata koji se temelje na brojanju kao što su edgeR i DESeq.

#!/bin/bash

#PBS -N corset-test
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=10GB
#PBS -q cpu_180

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/Corset/1.07

corset.sh corset test.bam