...
Zajedno, pomoćni programi bedtools su švicarski vojni nož alata za širok raspon zadataka genomske analize. Najrašireniji alati omogućuju aritmetiku genoma: to jest, teoriju skupova na genomu. Na primjer, bedtools omogućuje presijecanje, spajanje, brojanje, nadopunjavanje i miješanje genomskih intervala iz više datoteka u široko korištenim formatima genomskih datoteka kao što su BAM, BED, GFF/GTF, VCF. Dok je svaki pojedinačni alat dizajniran za obavljanje relativno jednostavnog zadatka (npr. križanje dviju intervalnih datoteka), prilično sofisticirane analize mogu se provesti kombiniranjem više operacija bedtools na UNIX naredbenom retku.
Verzije
Verzija | Modul | Supek | Padobran |
---|---|---|---|
2.5.1 | scientific/bedtools/2.31.1 |
Službena dokumentacija
...
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
#!/bin/bash
#PBS -N bedtools-test
#PBS -q cpu_180
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/bedtools/2.31.1
bedtools coverage -a x.bed -b y.bed -hist > obs |
...