...
FaNDOM izvodi poravnanje Bionano Saphyr molekula optičke karte i kontiga s referencom, koristeći filtar temeljen na sjemenu. FaNDOM je implementiran u C++ i podržava multithreading.
Verzije
| Verzija | Modul | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|
| 0.2 | scientific/FaNDOM |  |  |
Službena dokumentacija
https://github.com/jluebeck/FaNDOM
...
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash
#PBS -N FaNDOM-test
#PBS -q cpu_180
#PBS -l select=1:ncpus=12
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/FaNDOM/0.2
FaNDOM.sh FaNDOM -t=$NCPUS -r=test_data/reference.cmap -q=test_data/query.cmap -sname=test_data/res -outfmt=xmap |
...
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash
#PBS -N FaNDOM-test
#PBS -q cpu_180
#PBS -l select=1:ncpus=12:mem=12GB
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/FaNDOM/0.2
FaNDOM.sh python3 $PYSCRIPTS/wrapper_contigs.py -f $PWD -t $NCPUS -r test_data/reference.cmap -q test_data/query.cmap -n res -o $PWD/test_data -c 19 -m 1 |
...