...
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash #PBS -N gatk4-HTcaller #PBS -q cpu #PBS -l select=1:ncpus=21:mem=10GB cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/gatk4/4.4.0.0 gatk --java-options "-Xmx10G" HaplotypeCaller -R reference.fasta -I input.bam -O output.vcf |
...
Tip |
---|
S obzirom da veliki broj alata nema mogućnost kontrole broja jezgara koji se koristi, poslovi se šalju kao serijski. Kod korištenja alata koji imaju mogućnost korištenja više dretvi ili više jezgara bitno je navoditi da se koristi jednak broj jezgara koji je i tražen u skripti za podnošenje poslova($NSLOTS$NCPUS). |