Page History

Opis

Quantum ESPRESSO je računalno-kemijska aplikacija koja je optimizirana za simulacije u fizici čvrstog stanja. Temelji se na teoriji funkcionala gustoće, a koristi se ravninskim valovima (engl. plane wave) koji se koriste za opisivanje ponašanja elektrona u čvrstom stanju.

Quantum ESPRESSO je aplikacija otvorenog koda, a podržava hibridnu paralelizaciju, MPI + OpenMP,kao i upotrebu grafičkih procesora. 

Verzije

Službena dokumentacija

• https://www.quantum-espresso.org/Doc/user_guide/

Primjeri

Napomene

CPU

MPI

Aplikaciju možete dijeliti na razini MPI procesa.

U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 32 MPI procesa.

#PBS -q cpu
#PBS -l select=32
#PBS -l place=pack

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/qe/7.1-gnu

mpiexec pw.x -i calcite.in

OpenMP

Ako aplikaciju želite dijeliti isključivo u OpenMP threadove, morate zatražiti jedan računalni čvor, budući da u ovom slučaju aplikacija radi s dijeljenom memorijom.

U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti s 32 OpenMP threada.

#PBS -q cpu
#PBS -l ncpus=32

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/qe/7.1-gnu

pw.x -i calcite.in

MPI + OpenMP

Budući da aplikacija podržava hibridnu paralelizaciju, MPI procese možete podijeliti na OpenMP threadove.

U primjeru niže, aplikacija će stvoriti 8 MPI procesa, podijeljenih u 4 OpenMP threada.

#PBS -q cpu
#PBS -l select=8:ncpus=4
#PBS -l place=pack

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/qe/7.1-gnu

mpiexec -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth pw.x -i calcite.in

GPU

Single GPU

Aplikacija može koristiti jedan grafički procesor koji se definira SGE opcijom ngpus, a koja će u okolinu izvesti varijablu CUDA_VISIBLE_DEVICES, čija će vrijednost biti UUID grafičkog procesora koji Vam je sustav dodijelio.

Broj CPU jezgri definira se putem OpenMP dretvi, odnosno u zaglavlju SGE skripte odabirom vrijednosti ncpus.

U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti s jednim grafičkim procesorom i 4 CPU jezgre.

#PBS -q gpu
#PBS -l select=1:ngpus=1:ncpus=1

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/qe/7.1-nvhpc

pw.x -i calcite.in