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| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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#!/bin/bash #PBS -N dmd-cluster #PBS -l select=1:ncpus=12:mem=64GB #PBS -q cpu cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/DIAMOND/2.1.8 diamond cluster -d astral-scopedom-seqres-gd-sel-gs-bib-95-2.07.fa -o clusters.tsv --approx-id 40 --threads $NCPUS --memory-limit 64G --header |
Korištenje baza
Dostupne baze za korištenje
- nr
- swissprot
- nt
- pfam
- kog
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash #PBS -N dmd-blastp #PBS -l select=1:ncpus=12:mem=64GB #PBS -q cpu cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/DIAMOND/2.1.8 diamond blastp -d $BLASTDB/swissprot/swissprot -q protein.fa -o matches_swissprot.tsv --threads $NCPUS |
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